Основными направлениями института являются осуществление научно-методической и координационной деятельности в области вирусологии и оказание населению высококвалифицированной специализированной медицинской помощи по диагностике, лечению и профилактике вирусных инфекционных заболеваний.
Институт занимается изучениемтаких инфекций как ВИЧ/СПИД, вирусные гепатиты, природно-очаговые вирусные инфекции, грипп (сезонный, птичий, новый), кишечные инфекции.